日本胎児心臓病学会は1994年に設立された胎児心臓病研究会が発展した学術団体です。この学会は胎児心臓診断および治療の普及と発展を目的とした日本小児循環器学会の分化会として運営されています。

本会は小児循環器医のみならず、多くの産科医・新生児科医・臨床遺伝専門医・超音波技師・看護師・ソーシャルワーカーが参加し、活発な意見交換や胎児診療の普及を行っています。